中国海关总署宣布暂停台湾地区菠萝输入大陆后，民进党当局指责大陆方面政治打压。对此，国台办发言人朱凤莲3月1日应询表示，海关总署决定自2021年3月1日起暂停台湾地区菠萝输入大陆，是正常的生物安全防范举措，是完全合理、必要的。

朱凤莲指出，海关依法对输入农产品实施检验检疫，是执行有关法律法规和标准的要求，也是防范植物疫情风险、保障人民权益的需要。民进党当局却刻意歪曲，把技术性问题恶意解读，借机攻击抹黑大陆。这充分暴露出他们的一贯做法，凡是涉及两岸事务都要进行恶意操弄，说明他们既没有意愿，也没有能力解决实际问题，只能靠污蔑大陆来回避自身的责任。

她还表示，农产品安全问题同农业生产、生态安全、食品安全及人民权益息息相关，我们一贯高度重视，会继续采取严格措施进行管控。

海关总署2月26日宣布，为防范植物疫情风险，自3月1日起暂停台湾菠萝（凤梨）输入大陆。国台办发言人马晓光同日应询表示，此举是正常的生物安全防范举措，科学合理，符合大陆相关法律法规和标准。

蔡办发言人张惇涵2月26日声称，大陆此举并非善意行为。蔡英文发文呼吁“挺农民，一起吃凤梨”。台“农委会主委”陈吉仲称“无法接受”。

台外事部门负责人吴钊燮在推特上发文，称大陆暂停台湾菠萝输入是在“惩罚台湾南部农民”。

对于大陆暂停台湾凤梨输入的原因，马晓光2月26日曾强调，大陆海关多次从台湾地区输入大陆的菠萝中截获检疫性有害生物。这些有害生物一旦传入，将对大陆农业生产和生态安全造成严重威胁。为从源头上防范植物疫情风险，海关总署做出了上述决定。

台湾“联合新闻网”2月28日报道称，在凤梨停止输入大陆后，台湾高雄六龟区农会原本预计本周有一批莲雾销往中国大陆，但2月28日早接到电话，称大陆贸易商要求暂停莲雾输入。

报道指出，莲雾是台湾销往大陆的五大水果之一，受疫情影响，高雄六龟出产的“蜜风铃”莲雾几乎全数外销大陆，年产值约10亿元（新台币）。在菠萝停止进口后，六龟区农会原本预计本周出口一批莲雾去大陆，外销人员说2月28日早上却接获电话，大陆贸易商要求暂停莲雾进口。消息传出，莲雾农陷入焦虑，担心莲雾是下个被禁水果。

六龟是高雄莲雾最大产地，近400公顷，主要栽种蜜风铃品种专攻外销市场，全区近七成莲雾外销，六龟农会与民间贸易商运销莲雾，总数近10家。六龟农会指出，以往莲雾外销至中国大陆、加拿大、新加坡等地，莲雾不耐储运，爆发疫情后，空运成本大增，几乎全销往距离较近的大陆市场。

大陆3月1日起停止进口台湾凤梨，六龟区农会外销部门证实，今早大陆贸易商来电告知，原本预计下周要出口的3千多公斤莲雾要暂缓作业，先观望凤梨情势再来决定下一步。

高市议员朱信强称，每年4月至10月是六龟莲雾外销旺季，六龟高达七成莲雾销往大陆，两岸关系紧张导致农产品外销受阻，莲雾若不能销往大陆，“可说是死路一条”。六龟农会总干事邱兰英说，今年年初寒害导致莲雾减产，目前莲雾外销数量十分少，但接下即将进入旺季，非常担心莲雾也被禁。